环境防制
因小家鼠栖息条件不高，很小的缝隙里即能栖居，少量食物即能维持生命，因此，生态学灭鼠措施对它的影响较大，但工作必须细致、深入，诸如做到室内无洞，无缝隙，经常清除杂物，整理抽屉、书柜等；否则，它仍能维持一定的数量。
器械灭鼠
小家鼠型小体轻，对所用捕鼠工具的灵敏度一定要高，鼠夹用小号，布放地点之间小于2m；用鼠笼时笼网眼要小。群众使用的碗扣、坛陷等方法效果也好；用粘鼠胶或粘蝇纸捕捉，安全有效。
毒饵杀灭
多种毒鼠药均可用于灭小家鼠。但根据它对毒物的耐药力稍大而每次取食量小的特点，各种毒鼠药的使用浓度应比杀灭褐家鼠要高，但每堆投饵量可减少一半。一般灭鼠药饵用0.5～1.0g，敌鼠钠盐等3～5g。诱饵以各种种子为佳，少用水份多的瓜果蔬菜。投饵应本着多堆少量的原则。堆间距离最好为2m，一般不要超过3m，投饵应尽量普遍。
