包括两个方面：一是利用天敌灭鼠，鼠类的天敌很多，主要是食肉目的小兽如黄鼬、野猫、家猫、狐等，鸟类中的猛禽如鹰、猫头鹰等，还有蛇类。因此保护这些鼠类天敌，对减少鼠害是有利的。
二是生态学灭鼠：也就是通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。
