关于鼠尸的处理方法与灭鼠方法有直接的关系，比如说如果防治的场所适合只用物理灭鼠法就可以灭除大部分的老鼠，那么关于鼠尸的处理问题就非常简单了，现场消灭直接处理或直接把粘住老鼠的粘鼠板进行更换即可。但是对于化学灭鼠法或物理化学复合灭鼠法，鼠尸处理就比较有讲究了。
首先，对于投放灭鼠剂和粘鼠板、鼠夹等药械的布放点，要进行认真记录，在灭鼠作业施工结束后的15天之内（死亡的高峰期应该是在第4天至第8天），应该每天检查各布放点的现状，观察灭鼠器械的捕鼠情况，如果有死鼠及时拣出。然后检查能够查看到的所有犄角旮旯、管道、天花板上，看到有鼠尸及时拣出，一定要放在密封的塑料袋里。
其次，是注意卫生防疫的问题，在发现死鼠的地点及周边环境用杀虫剂进行喷洒，另外操作人员应注意个人的防护，穿防护服、戴橡皮手套、戴口罩，用镊子将鼠尸夹起，绝对不能用裸手操作。
再次，是鼠尸的最后处理，一定不能将装有鼠尸的袋子直接扔进垃圾桶里，应该在离开城市生活密集区2公里的范围以外的地方进行焚烧或者深埋处理。
